新侠客行剧情讲述了石中玉与狗杂种兄弟二人齐心协力揭开了侠客岛之谜，守护各自爱情的故事。
玄素庄庄主石清和夫人闵柔生有两个儿子。次子石中坚被暗恋石清的梅芳姑杀害后，长子石中玉因为闵柔的过分溺爱而养成无法无天的性格。石清不得已，只得将石中玉送去凌霄城学艺，一眨眼已经过去了三年。
摩天居士发出的玄铁令再现江湖，传说得到玄铁令的人可以向摩天居士谢烟客提出一个要求。在追逐玄铁令的过程中，石清夫妇得知儿子在凌霄城闯下弥天大祸。而此时玄铁令被一个小乞丐狗杂种得到，而因此成为了谢烟客的债权人。
石中玉能否逃脱众人的追杀，狗杂种能否揭开自己的身世之谜，一时间悬而未解，而这两个年轻人因为卷入了长乐帮、侠客岛等一系列的阴谋也一再身份颠倒。最后，石中玉与狗杂种兄弟二人齐心协力揭开了侠客岛之谜，击败了贝海石的阴谋，获得了各自的爱情。
