一、行区政域不同
1、大兴安岭：大兴安岭是兴安岭的西部组成部分，位于内蒙古自治区东北部，黑龙江省西北部，东北西南走向，为中国著名的山地。
2、小兴安岭：小兴安岭纵贯黑龙江省中北部。西北以嫩江为界与大兴安岭相连，东北至黑龙江岸，接大兴安岭支脉伊勒胡里山，东部连接三江平原，东南抵松花江畔，与张广才岭相接，西南与松嫩平原毗连。
二、山脉走向不同
1、大兴安岭：大兴安岭是东北西南走向，山岭东部陡峻险要，阶梯地形显著，西部和缓，逐渐没入内蒙古高原。山体比较浑圆，山脊不够明显，山顶缓平。
2、小兴安岭：小兴安岭是从西北向东南走。小兴安岭属低山丘陵，地形特征是“八山半水半草一分田”。北部多台地、宽谷中部低山丘陵，山势和缓南部属低山，山势陡峭。
三、物种不同
1、大兴安岭：大兴安岭以兴安落叶松为主。
2、小兴安岭：小兴安岭以红松为主。
